Thành hoàng có nguồn gốc Nhiên thần
Tức các vị thần mang dạng là thần Nước (Thủy thần), thần Đất (Thổ thần), Thần Núi (Sơn thần), Thần có dạng là các con vật, đồ vật…
Thành hoàng là Sơn thần
Chiếm số lượng rất lớn trong số các vị thần nói chung cũng như các vị Thành hoàng nói riêng. Điều này cũng dễ hiểu vì trong vũ trụ luận nguyên sơ phương Đông thì Sơn – Thủy, Đất – Nước là cặp đối lập, tương khắc tương sinh, tạo nên môi trường sống quen thuộc và cảnh quan của các cư dân nông nghiệp. Con người sống phải nhờ vào đất và nước, dưới sự phù hộ độ trì của các thần linh Sơn – Thủy này.
Các Sơn thần, tùy theo các địa phương mà có các danh thần khác nhau: Cao Sơn thần, Cao Sơn Đại Vương, Cao Sơn Quý Minh, Quý Minh Đại Vương, Cao Sơn Viết Minh, Đại Vương Sơn Thần, Sơn Tinh, Cao Các Đại Vương, Sơn Tiêu Độc Cước, Tam Vị Sơn Thần, Cao Hiểu, Cao Khánh, Đông Nhạc Thần, Trung Nhạc Thần, Tây Nhạc Thần, Cao Sơn Lập Thạch, Miêu Sơn Kiều Lộ…
Trong các Sơn thần kể trên, phổ biến hơn cả là thần Tản Viên, Cao Các Đại Vương, Cao Sơn và Quý Minh, trong đó Cao Sơn và Quý Minh gắn bó chặt chẽ với Tản Viên. Có nơi, dân gian quan niệm hai vị trên là con của Tản Viên (Sơn Tinh) hay họ là hai anh em ruột trong số 50 người con của Lạc Long Quân…
Diện phân bố thờ cúng các Thành hoàng là Sơn thần rất rộng, ở hầu khắp mọi nơi, tuy nhiên tập trung hơn cả là ở Hà Nội, nhất là Sơn Tây vùng ven núi Ba Vì (núi Tản Viên). Sau đó là ở các tỉnh Trung Bộ, như Thanh Hóa, Nghệ An…
Thành hoàng có nguồn gốc Thủy thần
Đối lại các Sơn thần là hệ thống các Thành hoàng có nguồn gốc Thủy thần. Trong số các Thủy thần này có vị là Thủy thần rõ rệt, nhưng cũng không ít vị đã “nhân thần hóa” trở thành các vị thần có tên tuổi, gốc tích, là các nhân vật lịch sử…
Các vị Thành hoàng có nguồn gốc Thủy thần cũng tùy theo địa phương mà mang các danh thần khác nhau: Long Vương, Đại Càn, Tam Giang, Đông Hải Đại Vương, Nam Hải Đại Vương, Thủy Tề Đại Vương, Tây Hải Đại Vương, Linh Lang Đại Vương, Bát Hải Đại Vương, Thủy Tề Đại Vương, Nam Hải Tứ vị Hồng Nương, Vĩnh Hải Mồn Thần, Trương Hống – Trương Hát, Tống Hậu… Trong các danh thần có nguồn gốc Thủy thần kể trên thì có vị là thần biển (Nam Hải Đại Vương, Bát Hải Đại Vương…), có vị là thần sông, hồ, đầm (Linh Lang, Tam Giang, Trương Hống – Trương Hát…)
Các địa phương thờ Thủy thần thường là nơi ven biển, ven sông lớn (sồng Hồng, sông Cầu, sông Đáy…), các hồ, đầm.
Các vị thần được thờ phụng phổ biến hơn cả là các Thần biển dưới các danh thần: Đại Càn, Nam Hải Đại Vương, Đông Hải Đại Vương, Long Thần, Tống Hậu, Thánh Nương…,trong đó Đông Hải Đại Vương thường mang danh là Đoàn Thượng hay Đức Thánh Cả. Ở ven biển Trung Bộ vị thần biển này hiện hình là Cá Voi – Cá Ông – Thờ Đức Ông. Còn các Thần sông được thờ phụng phổ biến hơn cả dưới các danh thần: Tam Giang Linh Lang, Trương Hống – Trương Hát…
Gắn với các Thủy thần thường có các thần mang dạng Rắn, Cá, Rồng, Ba Ba… Như các Long Vương thường mang dạng Rồng, thần sông mang dạng Rắn, Ba Ba (Hà Bá), thần biển mang dạng Cá – Cá ông.
Ban Nghiên cứu Tôn giáo